本校擁有獨特豐富的自然生態、環境絕佳，學區四周青山環繞，終年溪水潺潺；由於地底下水資源豐沛，是以『茭白筍』農田密佈乃一大特色。921震災校園重建後成為嶄新綠色田園及生態教育的水田邊學習樂園。重生後的水尾國小新校園兼容並包，有著得天獨厚的自然生態環境，是學校與建築師共同營造出的田園學校；學校的重建精神是與自然共生，創造出充滿水和綠的森林化小學。這些意象激發了「像設計集團」將水尾塑造成「水田邊的樂園」。除了戲水池和生態池，自然教室前有自然觀察平台及實習農園，教室前的木製涼亭爬滿了埔裡特產百香果，頂樓則是眺望及觀星平台，教室走廊邊也設計成半戶外的階梯式教學空間，這一切都是為了要讓水尾師生更自然的接近自然。再加上校園周圍沒被震垮的一排高聳桃花心木和樟樹，整座水尾國小彷彿就是天生住在森林間的精靈。